Esta Asociación inició con cursos de entrenamiento financiados por la Agencia Internacional de Desarrollo (AID), donde fueron entrenadas diferentes profesionales, tales como jauleros, directores, entre otros. El último entrenamiento realizado fue para la formulación de Planes Maestros.

En 1993 fue realizado el Segundo Congreso de AMACZOOA en la Ciudad de Guatemala, en esta reunión la Presidencia fue traspasada a Yolanda Matamoros, Directora del Zoológico Simón Bolívar de Costa Rica.

A partir de entonces, se han continuado realizando programas de entrenamiento, enfocados para Mesoamérica y se ha contado con el apoyo del Zoológico de San Luis, Missouri. Igualmente se empezaron a realizar talleres de Conservación con el Grupo de Especialistas en Conservación y Reproducción de la Comisión de Sobrevivencia de Especies de la UICN.

En el año de 1998, se realizó el Tercer Congreso de AMACZOOA, en el Jardín Zoológico de La Habana, Cuba.

En el 2000 se realizó el Cuarto Congreso en la Ciudad de San Salvador, El Salvador, en el Zoológico Nacional.

Para el 2002, México fue la sede del Quinto Congreso, el cual se realizó en el Zoológico Miguel Álvarez del Toro, en Tuxtla Gutiérrez, Chiapas, México.